L'histoire tourne autour de deux dieux: Cosmos et Chaos.
À part les dieux et leurs champions, le joueur traite également de sosies de cristal appelé Manikins.
L'histoire " Final Dissidia for Fantasy " tourne autour de deux dieux: le cosmos, la déesse de l'harmonie et le chaos, le dieu de la discorde.
Le jeu a un scénario global qui nécessite de jouer à travers tous les personnages à terminer.
Le jeu contient vingt-deux personnages jouables au total: dix héros et dix méchants,
L'un de chacun représentant Finals Fanta via Final Fanta X,
et deux personnages secrets: une héroïne représentant Final Fanta Xi,
et un méchant représentant les finales Fanta XII. Initialement, seuls les dix héros principaux sont jouables dans tous les modes de gameplay.
Les dix méchants principaux sont jouables en mode Arcade, mais doivent toujours être déverrouillés pour l'accès dans tous les autres modes de gameplay.
Les dieux Cosmos et le chaos ont été enfermés dans un conflit éternel avec "World B",
une dimension miroir au royaume du "monde a" où se déroule le premier fantasme,
invoquant plusieurs guerriers d'autres mondes de la série principale à se battre dans un cycle sans fin de mort et de renaissance jusqu'à ce que l'équilibre soit en faveur du chaos.
Le jeu unit à la fois les protagonistes et les antagonistes des versements des principales séries Final Dissidia for Fantasy ,
Leurs histoires racontées par le CID de la Lufaine du deuxième jeu.
Alors que la guerre semble approcher de sa fin, les dix guerriers de Cosmos se sont ensemble pour se réunir aux serviteurs du chaos et restaurer l'équilibre.
Ayant perdu une grande partie de son pouvoir dans le cycle précédent, Cosmos lui donne dix guerriers de lumière, de firon, d'oignon Knight, Cecil, Bartz, Terra, Cloud, Squall, Zidane,
et Tidus - la tâche de récupérer les dix cristaux qui les aideront à vaincre le chaos.
Ils ont chacun participé à un voyage appelé «Destiny Odyssey», où leurs histoires respectives sont racontées et se lier les uns avec les autres.
Pendant leurs «Odysseys de Destiny», les héros rencontrent leurs méchants personnels,
Les vaincre à travers des épiphanies sur eux-mêmes qui les aident à obtenir leurs cristaux.
Suivre les «Odysses de Destiny» se trouve «l'impulsion de l'ombre», où les dix guerriers sont en possession de leurs cristaux,
Mais arrivez trop tard pour sauver Cosmos, qui est tué par le chaos.
Les héros commencent à s'estomper, mais sont sauvés par la puissance des cristaux,
leur permettant d'utiliser le temps qu'il leur reste pour riposter contre les méchants et vaincre le chaos une fois pour toutes.
En fin de compte, les autres guerriers quittent le monde A pour leurs propres mondes, la lumière guerrière se lance dans une autre aventure,
Configuration des événements du fantasme original, et Cosmos revire pour régner sur le monde B.