La historia gira en torno a dos dioses: cosmos y caos.
Aparte de los dioses y sus campeones, el jugador también trata con doppelgangers como cristal llamados maniquíes.
La historia " Final Dissidia for Fantasy " gira en torno a dos dioses: cosmos, la diosa de la armonía y el caos, el dios de la discordia.
El juego tiene una historia general que requiere jugar a través de todos los personajes para completar.
El juego contiene veintidós personajes jugables totales: diez héroes y diez villanos,
Una de cada una de las finales que representan Fanta a través de Final Fanta X,
y dos personajes secretos: una heroína que representa a Final Fanta Xi,
y un villano que representa a las finales Fanta XII. Inicialmente, solo los diez héroes principales son jugables en todos los modos de juego.
Los diez villanos principales son jugables en modo Arcade, pero aún deben desbloquearse para acceder en todos los demás modos de juego.
El cosmos y el caos de los dioses han sido encerrados en el conflicto eterno con el "mundo B",
Una dimensión de espejo al reino del "mundo a" donde tiene lugar la primera fantasía,
Invocando a varios guerreros de otros mundos de la serie principal para luchar en un ciclo interminable de muerte y renacimiento hasta que el equilibrio se incline a favor del caos.
El juego une tanto a los protagonistas como a los antagonistas de las entregas de la serie principal Final Dissidia for Fantasy ,
Sus historias narradas por el CID del segundo juego de Lufaine.
A medida que la guerra parece estar llegando a su fin, la banda de los Diez Guerreros de Cosmos juntos para devolver el golpe en los secuaces de Chaos y restaurar el equilibrio.
Después de haber perdido gran parte de su poder en el ciclo anterior, Cosmos le da a sus diez guerreros de luz, Firion, Onion Knight, Cecil, Bartz, Terra, Cloud, Squall, Zidane,
y Tidus: la tarea de recuperar los diez cristales que los ayudarán a derrotar al caos.
Cada uno emprendió un viaje llamado "Destiny Odyssey", donde sus respectivas historias se cuentan e interconectan entre sí.
Durante sus "Destiny Odysseys", los héroes se encuentran con sus villanos personales,
Derrotarlos a través de epifanías sobre sí mismas que los ayudan a obtener sus cristales.
Después de la "Odysseys de Destiny" está el "impulso de sombra", donde los diez guerreros están en posesión de sus cristales,
Pero llegue demasiado tarde para salvar a Cosmos, quien es asesinado por el caos.
Los héroes comienzan a desvanecerse, pero son salvados por el poder de los cristales,
Permitiéndoles usar a qué hora se han ido para devolver el golpe contra los villanos y derrotar al caos de una vez por todas.
Al final, los otros guerreros dejan a World A por sus propios mundos, la luz guerrera se embarca en otra aventura,
Configurar los eventos de la fantasía original, y el cosmos revive para reinar sobre el mundo B.